学校前身系创建于1936年国立药学专科学校(本科四年制)[1] ，1952年，齐鲁大学药学系和东吴大学药学专修科并入成立华东药学院;1956年更名为南京药学院，1986年与筹建中的南京中药学院合并，成立中国药科大学。
学校下辖12个院部系，设有25个本科专业，5个专科(高职)专业。药学、药物制剂、药物化学、中药学、生物制药专业被评为国家特色专业建设点，药学一级学科为国家一级重点学科，有药学、中药学2个博士后流动站，有国家重点实验室1个，中国工程院院士2人。有药界之誉。
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